學術上日語分為九州日語、關西日語、關東日語和八丈語四種方言。還可以細分為十三種方言：屬于九州日語的薩隅方言、肥筑方言、豐日方言，屬于關西日語的中國方言、云伯方言、四國方言、近畿方言、北陸方言，屬于關東日語的東海東山方言、關東方言、內陸北海道方言、東北方言和沿岸北海道方言。

日語的系屬一直都是學術界爭論的焦點、基本上可以有三類的觀點

第一類觀點認為日語屬于阿爾泰語系、因為日本語有著非常顯著的阿爾泰語系的語言特征。   流音不會出現在本土詞匯（固有詞）的首個音節上 元音和諧律（或稱元音調和） 黏著語的特征 日語的這三個語言特征為該觀點提供了相當有力的支持。但是日語跟阿爾泰語系的其他語言之間的同源詞匯卻非常少、反對該觀點的學者一般都以此作為反駁的力證。

第二類觀點認為日語跟朝鮮語共屬于一個新的語系。持該觀點的學者認為、日語的文法與朝鮮語的文法有驚人的相似度、都是使用SOV序列、兩者歷史上又共同受過古漢語的影響、因此有學者認為日語跟朝鮮語是阿爾泰語系和漢藏語系混合的新語系。但是日語跟朝鮮語之間缺乏同源詞也成了異議的學者們反駁該觀點的力證。

第三類觀點認為日語跟琉球語共屬于一個新的語系，即日本語系。由于日語跟琉球語之間確有不少相似性，故此觀點得到了一些學者的支持，但仍然并沒有被廣泛認同。

第四類觀點認為日語跟朝鮮語一樣，都是孤立語言，而它們跟目前世界上已知的語系都沒有關聯。持該觀點的學者們以“同源詞問題”支持該觀點。

按語言結構特點分類，日本語屬于黏著語。SOV語序。在語言表達上分為簡體和敬體，另外有發達的敬語體系。作為一種基本的結構，典型的日本句子的句式是主語－賓語－謂語。例如：太郎（たろう）が林檎を一つ食（た）べた（Tarō ga ringo o hitotsu tabeta）。照字面直接的意思是"太郎吃了一個蘋果"。

當說話人認為從語境中聽者能理解，也就是談話者或作者自信談話對象對所談及的情況有一定了解時，經常會省略主語或賓語。在這種情況下，上面所講的那個句子可能會變成，“林檎を食べた”（ringo o tabeta）（"吃了蘋果"）或僅為：“ 食べた ”（tabeta）（"吃了"）。